對發包人而言，建設工程價款結算的法律風險主要是：在合同有效的情況下，主要是拖欠工程款以及由此產生的違約金、利息的法律風險；在合同無效的情況下，主要是拖欠工程款以及由此產生的賠償損失、利息的法律風險。對于承包人而言，建設工程價款結算的法律風險主要是：遲延拿到或者拿不到工程款的法律風險。由于工程價款竣工結算在竣工驗收合格之后，而竣工結算所暴露的問題通常發生在合同簽訂階段（招標投標）、合同履行階段、工程結算階段，每個階段又有不同性質的法律風險，現將其概括總結為三個階段的法律風險：
第一階段（前期風險）：合同簽訂階段（招標投標）
（一）建設工程價款結算的依因建設工程合同無效導致的工程價款結算法律風險
建設工程合同無效，主要是違反建筑從業單位資質管理法律規定、招標投標法律規定、違法分包與非法轉包所導致的，而這些都與建設工程合同的簽訂密不可分，都是發包人與不具備資質的承包人簽訂合同，或者不按照招標投標的規定選定承包人，或者違法與承包人簽訂專業分包合同、勞務作業分包合同等。首先，建設工程合同無效，是否要求結算工程價款，必須與工程質量是否合格、不合格情況下能否修復相掛鉤。其次，建設工程合同無效，承包人可以請求參照合同約定結算及支付工程價款，但是不等于必須參照合同約定結算及支付工程價款，承包人也無權要求按照市場行情據實結算工程價款。再次，建設工程合同無效，即意味著發包人無法追究承包人工期、質量、安全等方面的違約責任，承包人無法追究發包人工期、工程款支付等方面的違約責任，只能主張賠償損失。最后，建設工程合同無效，當事人已經取得的管理費、掛靠費等非法所得有可能被收繳。
（二）因違反招標投標規定構成黑白合同導致的工程價款結算法律風險
黑白合同是與建設工程招標投標緊密聯系在一起的，強制招標工程或者非強制招標工程但采取合法招標程序的工程，必須適用招標投標的法律規定。對于強制招標項目，如果當事人就同一建設工程簽訂兩份以上內容不同的合同，應當以中標合同作為結算工程價款的根據。一般而言，“黑合同”比“白合同”的價款更低、工期更短、質量標準更高、違約責任更大。對于發包人來說按照“黑合同”結算比按照“白合同”結算更有利，對于承包人來說按照“白合同”結算比按照“黑合同”結算更有利。因此，在構成黑白合同的情況下，或者存在多份合同的情況下，合同是否有效，究竟是按照哪份合同進行結算，對發包人或者承包人利益的影響都是不同的。在實踐中，黑白合同的情況復雜，關鍵是要確定工程價款結算的依據問題：(1)法律、行政法規規定必須進行招標的建設工程，以中標合同作為工程價款結算的依據。(2)法律、行政法規規定必須進行招標的建設工程，未經過招標投標的，該建設工程施工合同為無效合同，應當參照實際履行的合同作為工程價款結算的根據。(3)如果黑、白合同均無效，應以雙方真實意思表示且實際履行的合同作為工程價款結算的根據。(4)法律、行政法規未規定必須進行招標的建設工程，但依法經過招標投標程序并進行了備案，應當以中標合同作為結算工程價款的依據。(5)法律、行政法規規定不是必須進行招標的建設工程，實際也未依法進行招標投標，當事人將簽訂的建設工程施工合同在當地建設行政管理部門進行了備案，備案的合同與實際履行的合同實質性內容不一致的，應當以當事人實際履行的合同作為結算工程價款的依據。(6)中標合同與招標投標文件不一致，應當以招標文件、投標文件、中標通知書作為結算工程價款的依據。
（三）因低于成本報價導致的工程價款結算法律風險
在建設工程招標投標中，有的投標人為了中標，惡性競爭低于成本報價。如果低于成本報價，實踐中一般認定所簽訂的建設工程合同無效，合同當事人需要承擔建設工程合同無效的法律風險。
（四）因建設工程合同的特殊約定導致的工程價款結算法律風險
(1)固定價合同導致的工程價款結算法律風險。固定價合同是相對的，不是一成不變的，遇到法律規定的或者合同約定的調整工程價款的情形時，就應當調整工程價款。在固定價合同履行過程中，如果遇到設計變更，或者材料、設備價格漲跌，都有可能導致工程價款的調整。工程價款調整，要么調高，要么調低，總會有利于一方、不利于另一方。如果遇到工程延誤，發包人、承包人都有可能承擔材料價格漲跌所導致工程價款調整的不利后果。(2)以送審價為準結算導致的工程價款結算法律風險。承包人的送審價一般都高于工程的實際造價，如果以送審價為準結算，則對于承包人較為有利，對于發包人較為不利。如果合同約定以送審價為準結算，發包人有可能需要承擔的法律風險主要有：如果承包人已經合法、合約報送工程結算資料，發包人沒有在合同約定審價期限作出答復，發包人需要承擔以送審價為準結算的不利后果。(3)以審計價為準結算導致的工程價款結算法律風險。對于全部或者部分使用國有資金投資或者國家融資的項目，如果合同約定以審計價為準結算工程價款，則對于承包人較為不利，有可能需要承擔的法律風險主要有：首先，必須接受審計機關作出的審計報告、財政評審機構作出的評審結論，意味著不能對工程價款結算進行協商或者提出異議。其次，可能面臨遲遲無法結算或者拿到工程價款的法律風險。一般情況下，審計機關的審計、財政評審機構的評審周期較長，合同又無法限定審計、評審的時間，有可能導致遲遲不能完成審計、評審。
第二階段（中期風險）：合同履行階段
（一）因質量不合格導致的工程價款結算法律風險
工程質量是建設工程的核心環節，質量是否合格與否，關系著能否驗收合格、竣工結算、拿到工程款。無論建設工程是否有效、是否履行完畢，承包人能否主張工程價款結算及支付，都與工程質量是否合格、不合格情況下與能否修復相掛鉤。
（二）.因工期延誤導致的工程價款結算法律風險
1. 工期延誤是影響工程投資目標的主要原因，也是導致承發包糾紛的重要原因之一。工期延誤的原因主要有三種：承包人自身原因、發包人自身及客觀原因、綜合性原因引起的工期延誤。發包人自身原因及客觀原因造成工期延誤，承包人可向發包人主張索賠，若不按合同約定期限及時向發包人發出索賠通知并提供證明索賠金額的證據材料，會導致發包人結算時對索賠費用不予認可的風險。因承包人自身原因導致工期延誤，承包人應在施工過程中對業主的索賠及時做出回復，并據實保留相關證據，否則會導致發包人結算時因此項索賠對承包人進行扣款的風險。
（三）因變更簽證導致的工程價款結算法律風險
工程變更簽證是履約過程中對工期順延和經濟索賠的確認文件，是項目最終結算時增減工程造價的憑據。承包人在施工過程中的變更簽證手續不全的主要情形有：簽證簽發主體不適格，沒有發包人蓋章或者發包人工作人員簽字確認；沒有書面變更簽證的情形下直接執行發包人的變更指令；未在合同約定期限內向發包人提出變更工程款費用的報告。若變更簽證手續不全，承包人有義務對增加的工程量承擔舉證責任。變更簽證手續不全，發包人很有可能拒絕承認簽證的真實性和有效性，結算時對簽證中工程費用不予認可。
（四）因中途解約導致的工程價款結算法律風險
由于發包人資金不到位、中途退場、承發雙方發生糾紛、發包人強行清場、承包人擅自撤場等原因，造成工程未完工時雙方中途解約。在實務中如果第三方進行后續施工，會涉及已完工程分界面等問題。這類案件的爭議焦點通常包括中途解約的原因責任，以及原承包人已完施工界面及工程量的爭議等。
第三階段（后期風險）：工程結算階段
（一）因工程未驗收導致的工程價款結算法律風險
工程驗收是工程結算的前提，還涉及缺陷責任期的起算以及質保金返還時間的起算，對承包人結算及尾款支付的影響重大。當工程具備施工驗收條件后，承包人應及時提請竣工驗收，并做好相關驗收準備工作。工程不具備驗收條件、發包人拖延或者不組織驗收，或者因為承包人原因造成工程未驗收，在此情況下，發包人很容易提出質量索賠。工程未經驗收，發包人投入使用后，往往又以工程存在質量為由，拖延結算不予支付工程價款。
（二）.因拒收結算報告或拖延結算導致的工程價款結算法律風險
工程竣工交付后，發包人常常以各種理由拒收結算報告或者拖延結算，使工程結算工作遲遲難以完成。發包人從而以結算作為借口拖延支付工程尾款，對承包人極為不利。
